Er bestaan aangeboren (natuurlijke) verschillen tussen de seksen, die veroorzaakt worden door biologische en anatomische factoren, die in de meeste gevallen samenhangen met de verschillende rollen in de voortplanting. Biologische verschillen betreffen ook verschillen in de chromosomen en hormonen. Er bestaan tevens aangeboren verschillen in de fysieke kracht tussen de seksen, aangezien mannen gemiddeld sterker zijn dan vrouwen, in het onderlijf, maar vooral in het bovenlijf.
Mannen zijn ook gemiddeld gezien langer dan vrouwen, hetgeen zowel voor- als nadelen met zich meebrengt. Vrouwen leven significant langer dan mannen, hoewel het niet duidelijk is of dat een biologisch verschil is. Het kan bijvoorbeeld ook veroorzaakt worden door verschillen in levensstijl.
Algemeen wordt aangenomen dat deze fysieke verschillen in een moderne kenniseconomie geen verklaring meer zijn voor inkomensverschillen tussen mannen en vrouwen.

Het begrip "gender" is meer een politiek beladen begrip. In de meest algemene definitie refereert deze term'aan de gevarieerde en complexe afspraken tussen mannen en vrouwen. Het begrip omvat de organisatie van reproductie, de seksueel bepaalde scheidingen van toegang tot de arbeid en de zorg voor kinderen en de culturele definities van mannelijkheid en vrouwelijkheid, m.a.w. het staat voor de socio-culturele aspecten van het man- of vrouwzijn.

In de feministische theorievorming neemt het onderscheid tussen sekse en gender een bijzondere plaats in. Het concept "gender" kan in verband gebracht worden met een theorie over de ongelijkheid en de onderdrukking van vrouwen. Het onderscheid dat de feministen maakten tussen sekse en gender viel een wereldwijd geaccepteerde theorie aan die stelde dat verschillen tussen genders natuurlijk zijn en zodoende komen door genitale en genetische verschillen. Onmogelijk te veranderen dus. De instrumentale rollen waren weggelegd voor mannen en omvatten het functioneren in de keiharde wereld van de economische competitie. Daartoe moesten mannen agressief, meedogenloos en intellectueel zijn. Vrouwen aan de andere kant hadden expressieve rollen waarin ze moesten zorgen voor de kinderen en iedereen uit hun entourage voorzien in hun fysieke en emotionele behoeften. Deze rolverdeling was niet uitwisselbaar. Deze theorie vormde de rechtvaardiging voor het type broodwinner/huisvrouw-gezin.

De Jogjakarta-beginselen voor de toepassing van Mensenrechten met betrekking tot Sexuele Geaardheid en Geslachtidentiteit zijn een verzameling beginselen met betrekking tot homoseksualiteit, genderidentiteit en transseksualiteit die in november 2006 in Jogjakarta (Indonesië) werden opgesteld door het Juristencomité voor de Mensenrechten.
De principes kwamen er naar aanleiding van een patroon van misbruik dat zich wereldwijd voordoet: verkrachting, marteling, buitengerechtelijke executies, medisch misbruik, beperkingen of ontzegging van de vrijheid van meningsuiting, discriminatoire maatregelen betreffende o.m. werk, huisvesting en immigratie, gebrek aan toegang tot onafhankelijke rechtspraak, enz.. De Raad van Europa heeft de beginselen trouwens expliciet onderschreven en heeft een aantal aanbevelingen opgesteld om ze in de praktijk te brengen.

Het Europees Instituut voor Gendergelijkheid, opgericht op 20 december 2006, moet de Europese instellingen en de lidstaten bijstaan bij het bevorderen van gendergelijkheid op alle communautaire beleidsterreinen en bij het bestrijden van discriminatie op grond van geslacht. Het Instituut zal zich tevens richten op de bewustmaking van de burgers van de Unie i.v.m. deze problematiek.

Er zijn vele oorzaken voor de genderongelijkheid tussen mannen en vrouwen.
Stereotiepe ideeën over wat vrouwelijk is en wat mannelijk.
Roltypering door opvoeding (bijv. aanbod van genderspecifiek speelgoed) en socialisatie (bijv. verwachtingen op school van andere kinderen en docenten).
Biologische/genetische verschillen waardoor meisjes/vrouwen andere keuzes maken dan jongens/mannen.
Politieke ongelijkheid. Aan het begin van de twintigste eeuw hadden vrouwen nog vrijwel nergens stemrecht. In 2015 was Saudi-Arabië het laatste land waar vrouwen stemrecht kregen.
Juridische structuren. In sommige landen mogen of mochten vrouwen niet werken, of niet werken in het bijzijn van mannen.
Religieuze dogma's waarin vrouwen als minderwaardig of onrein gezien worden.

In 2019 zijn er slechts zes landen waar gendergelijkheid (nagenoeg volledig) in wetgeving verankerd is. Dit zijn België, Denemarken, Frankrijk, Letland, Luxemburg en Zweden. Volgens onderzoek van de Wereldbank staat Nederland op een gedeelde twintigste plek. Saoedi-Arabië scoort op basis van de wetgeving het slechtst.

Ongelijkheid bij opleiding en carrière
Loonongelijkheid bestaat als personen die gelijk gekwalificeerde en hetzelfde werk uitvoeren, een verschillend loon ontvangen. Historisch gezien hebben mannen altijd meer verdiend dan vrouwen bij een gelijke kwalificatie. In alle Europese landen verdienen vrouwen in 2019 minder dan mannen.
Het glazen plafond wordt nog vaak als een van de oorzaken van de loonkloof genoemd. De term "glazen plafond" wil zeggen dat er onzichtbare of kunstmatige barrières bestaan voor vrouwen om hogerop te komen. Recent onderzoek duidt er echter op dat eerder het tegenovergestelde het geval is. Vrouwen met de juiste opleiding en ervaringsachtergrond worden gemiddeld wel 4,5 resp. 6 jaar jonger dan mannen in de top van een bestuur opgenomen en ze komen ook aanzienlijk vaker uit het buitenland dan mannen -inderdaad kiezen meisjes daar wel voor economie en techniek! Bedrijven willen wel vrouwen binnenhalen, maar technisch, financieel en bedrijfseconomisch opgeleide vrouwen zijn zeer schaars. En zeker van de jaargangen die nu aan de top zitten. Headhunters stellen vast dat er voor topfuncties circa 10 keer zo veel geschikte mannen beschikbaar zijn als vrouwen.
Bovendien krijgt in 2016 van de vrouwen op de arbeidsmarkt zeker 40% te maken met mogelijke discriminatie wegens zwangerschap of pril moederschap.

Gender Gap Index op wereldschaal in 2013 Het World Economic Forum publiceert jaarlijks een Global Gender Gap Report om de genderongelijkheid te meten. De parameters die in deze index worden meegenomen, zijn gezondheid, opleiding, economische bijdragen en politieke activiteit. Er wordt voortgang geboekt in vrijwel alle landen, maar nog geen enkel land is erin geslaagd de genderongelijkheid geheel op te heffen. In 2015 stond IJsland bovenaan de lijst met de grootste gendergelijkheid.
De Europese Unie doet ook metingen, die resulteren in de Gender Equality Index.